Cet article présente une synthèse des concepts débattus aujourd’hui dans le domaine de l’ethnopharmacologie au sens large, et espère renouer le lien entre ses différents aspects disciplinaires. En effet, l’anthropologie, l’écologie, la phytochimie ou la pharmacologie peuvent être abordées comme outils au service de la compréhension des relations complexes entre l’Homme et son environnement, et particulièrement ici le tripôle Homme-plante médicinale-pathogène. Après avoir montré l’importance des modes de représentations de la nature et des maladies, le rôle des sciences dites «naturelles», la phylogénie et l’écologie chimique, ainsi que l’éclairage qu’elles apportent aux interactions Homme-milieux seront développés. Ensuite, après une incursion vers la biologie des systèmes, sera abordée la place des nouvelles technologies en chimie analytique, ou comment la métabolomique, par la vision globale et instantanée qu’elle apporte, révolutionne la compréhension moléculaire du remède. Enfin, tous ces aspects seront remis en perspective dans une réflexion sur les dynamiques des savoirs traditionnels, et notamment l’aspect évolutionniste de cette relation tripartite, au niveau d’une écorégion aussi vaste que l’Amazonie.

Mots-clés : Amazonie, écologie chimique, métabolomique, médecine darwinienne, interdisciplinarité.